《消失 混乱迷宫》的故事发生在被诅咒的小村庄“歪埠村”，在这个小村子里每年必将会发生一次村民神秘失踪的事件，失踪者没有任何蛛丝马迹可寻。人们将这种失踪称之为“消失（AWAY）”，在近100年里已经有99人这样神秘消失，而第100年即将消失的第100人就是村中的少女阿内拉。而正当阿内拉要被“吞噬”之时，2年前飘流到歪埠村的主人公索德不惜一切将阿内拉救回。然而，结果更加令人意想不到，包括阿内拉在内的所有村民在一夜之间全部消失，只剩下不属于这个村庄的索德一人。为了救助村民、为了揭开村民失踪之谜，索德在神秘之光的诱导下进入了危机重重的地下迷宫……
游戏中玩家将扮演主人公索德进入迷宫深处救出被困在那里的村民。将村民救出后，他们将通过重建自己的家园、经营店铺、提供重要情报等方式帮助索德进一步救助其他村民。
