作为《宇宙侵略者》的正统续作，NDS的《宇宙侵略者 EXTRSME》在游戏系统方面进行了大幅进化，不仅我方机体移动更加灵活，而且增加了大量的新型武器，如可以连续喷射的激光、可以一次性消灭多台地方机体的导弹、还有同时发射一排4发子弹的武器等等。在战斗中经常会在屏幕的最上方快速飞过一台飞碟，如果成功击落的话会加分或者进入奖励关卡。